想要跳出日常，去某个地方旅行。这样的念头曾多次浮现。 在不知未来想成为什么的日子里，仍渴望着哪一天能找到令自己沉迷的事物。 在崭新日子启程的欢腾校园里，向美咲伸出手的，是铁路旅行同好会（通称：铁旅会）的成员们。 通过铁轨延伸的世界，让美咲的心开始怦然跳动！
舞台设定在崇拜水龙守护神的海底王国「海炎国」，这里因神秘污染和“强行唤醒沉睡水龙”的阴谋陷入危机。利姆露一行人原本是来海岛度假，却被卷入这场深海危机，从悠闲摸鱼被迫营业，潜入苍海深处揭开阴谋、阻止海底文明覆灭。
东京卍会与天竺的抗争以惨烈的结局落下帷幕。 在众人各自怀抱着悲伤走向未来之时， 花垣武道对已死的稀咲铁太感到了敬畏。 接着，听说了整个时空穿越经过的佐野万次郎做出了某个决定。 结束战斗、告别过去的花垣武道，终于抵达了恋人橘日向依然存活的最佳未来。 然而，在那里，却不见“他”的身影。 三支队伍争夺霸权—— 在这个被称为 “三天时代” 的世界里， 最后的复仇，就此开始！
