14岁少女·大户爱在深夜散步的途中，随着神秘声音的指引，获得了一枚「蛋」。「如果想要改变世界的话」「那么就在现在做出选择」「请相信自己——」「打破这枚蛋——」而在打破「蛋」之后，等待着爱的是……。
时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。这个部队是中岛中将为了对抗近代化列强诸国的情报战而创设，但眼下零机关的任务，是对应暗藏在东京的吸血鬼事件。被分配到此项工作的是──最强人类的前田义信大佐，国内等级最高的吸血鬼且机关新人栗栖秀太郎，智力是规格外的山上德一，从江户时代就存在至今的须和（暂译，原文スワ），喜爱未衰老大脑的疯狂科学家竹内（暂译，原文タケウチ）。──以上，是零机关实行部队的成员。不断增加的吸血鬼们，暗中行动的影子，神秘人工血液的存在，冷眼静观这些事态的是，虽然年龄超过300岁，外表却与小孩无异的S等级吸血鬼戴夫罗特（暂译，原文デフロット）。零机关今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。
