东京卍会与天竺的抗争以惨烈的结局落下帷幕。 在众人各自怀抱着悲伤走向未来之时， 花垣武道对已死的稀咲铁太感到了敬畏。 接着，听说了整个时空穿越经过的佐野万次郎做出了某个决定。 结束战斗、告别过去的花垣武道，终于抵达了恋人橘日向依然存活的最佳未来。 然而，在那里，却不见“他”的身影。 三支队伍争夺霸权—— 在这个被称为 “三天时代” 的世界里， 最后的复仇，就此开始！
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
