公元397年，风景秀丽的张家界，以黑心虎为首的魔教放火烧山，荼毒生灵，欲抓森林之灵兽玉兽麒麟，妄图借喝麒麟的热血以增强内力，称霸武林。为了维护森林和平与安宁，虹猫的父亲联合蓝兔的母亲等七人，七剑合壁，最终大败黑心虎，但七剑也非伤即残。 五十年后，黑心虎带领魔教卷土重来。而唯一能阻止黑心虎的只有再次七剑合壁，但此时的七剑，除了虹猫父亲，其他六剑已分散隐居，去向不明。一场血战，虹猫父亲终因寡不敌众，英勇牺牲。少侠虹猫谨遵父亲遗命，肩负起拯救森林环境的重任，含愤下山去寻找其他六剑传人……
赤焰锦衣卫秦鹄与其同伴以“天子守社稷，锦衣卫江山，侠骨藏江湖，百死不留名”为信仰，为守护江山社稷勇斗叛乱势力的壮义之举。既有锦衣卫守护江山安宁的责任感，又有江湖儿女的侠义之心。一向顺风顺水放荡不羁的秦鹄，却因调查一庄离奇杀人案件而逐渐卷入一场关乎于天下苍生的惊天大阴谋中，同时也揭开了自己埋藏二十多年的身世之谜。在一次次凶险万分的案件调查中，敌人的威胁、同僚的背叛、伙伴的猜忌都没有湮灭秦鹄的正义之志。最终他的人格魅力感染了伙伴，众人排除万难、不畏强权，只为给逝去的无辜生命讨一个公道、只为还天下一个太平、只为保江山一个永驻、只为对得起赤焰锦衣卫这一个百姓信赖的名号，齐心协力挫败了幕后黑手扰乱天下的阴谋。
空间中有两个世界，一个叫元，一个叫易。两个世界的人生死相依，若一个世界的你死去，另一个世界的你也将同时死去，一个自称“解梦人”的神秘女人这样告诉元世界的念阳枭。元世界念阳枭的父亲念正元突然离世也印证了这一点，为了保护自己心慕之人——空灵慧免遭意外死亡，念阳枭毅然决然跨越两个世界的边缘来到易世界，去寻找一个身上有红色印记的女人，因为这个女人会直接导致易世界空灵慧的死亡进而直接威胁心怡之人的性命。为此，念阳枭踏入易世界获得超乎想象能力的同时，他再也无法回到回来的世界。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
