在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
这部动画巨制以独特的视角向你讲述明朝“土木堡之变”时期，一直守护成吉思汗“天武圣宝”宝藏的护宝一族一夜之间被屠杀殆尽后，侥幸生还的护宝一族少主乌云宗寻找仇家，追寻宝藏，并一路与伙伴和仇家之间上演的一场关于追寻和成长、爱情与友情、阴谋与背叛的精彩故事。
